1998年11月、日露首脳会談（小渕総理、エリツィン大統領）において日露間の国民レベルの人的交流を抜本的に拡充することで合意し、1999年5月、両国の政府間協定に基づき国際機関として設置された日露青年交流委員会の事務局として日露青年交流センターが設立されました。

2008年4月、両国首脳（福田総理、プーチン大統領）は日露合わせて毎年500名規模の日露青年交流を実施することで合意しました。

2012年にこの目標が達成されたことを踏まえ、2013年4月、日露首脳会談（安倍総理、プーチン大統領）で両国間の青年交流の一層の拡大を支持しました。

そして、2016年12月の日露首脳会談（安倍総理、プーチン大統領）では、大学間交流、青年交流、スポーツ交流を拡大するとともに、地域間交流を活性化し、日露関係の更なる発展につなげていくことで一致しました。

日露青年交流センターは、日露青年交流委員会の決定に基づき、（1）短期招聘・派遣事業、（2）日本語教師派遣事業、（3）若手研究者等に対するフェローシップ供与事業を主な事業として、1999年7月の事業開始以来、2019年末時点で約9,000人の日露の青年交流を実施しています。