В ноябре 1998 года на японо-российской встрече на высшем уровне (между Премьер-министром Японии К. Обути и Президентом России Б. Ельциным) была достигнута договоренность o существенном расширении людских обменов между Японией и Россией на уровне простых граждан. В мае 1999 года был учрежден Японо-Российский центр молодежных обменов, выполняющий роль секретариата Японо-Российской комиссии по молодежным обменам, созданной в качестве международной организации на основе соглашения между правительствами обеих стран.

В апреле 2008 года руководители двух стран (Премьер-министр Я. Фукуда и Президент России В. Путин) договорились о том, чтобы довести объем японо-российских молодежных обменов до уровня 500 человек в год с японской и российской сторон вместе.

С учетом того, что в 2012 году эта цель была выполнена, на японо-российских переговорах на высшем уровне в апреле 2013 года руководители двух стран (Премьер-министр Японии С. Абэ и Президент России В. Путин) поддержали дальнейшее расширение молодежных обменов между двумя странами.

На японо-российских переговорах на высшем уровне в декабре 2016 года руководители стран (Премьер-министр Японии С. Абэ и Президент России В. Путин) договорились о расширении обменов между университетами, молодежных и спортивных обменов и оживлении связей между регионами с целью дальнейшего развития японо-российских отношений.

Японо-Российский центр молодежных обменов осуществляет деятельность на основе решений Японо-Российской комиссии по молодежным обменам по следующим трем основным направлениям: (1) приглашение и направление молодежи на краткосрочной основе, (2) направление преподавателей японского языка, (3) предоставление грантов для молодых ученых. С момента начала деятельности в июле 1999 года до конца 2019 года в молодежном обмене приняло участие около 9,000 человек.